凉云暮叶医患矛盾加剧，“以药补医”逐渐变成“以药养医”，表现出严重的弊端。
二、我国公立医院补偿机制改革的必然性
卫生部部长陈竺认为以药补医制度是中国最为落后的卫生筹资方式，正是以药补医制度，造成公立医院偏离了公益性的方向。大医院药品耗材过程有水分，最主要原因就是以药补医制度，医院收入相当一部分依靠药品加成，因此也不会去控制价格带着水分的药进入医院，而受害的只能是患者。老百姓看不起病，同时也用了很多不该用的药。政府也成了冤大头，为以药补医报销，因为患者使用的医保实质上是政府的公共财政补贴。重庆医科大学管理学院医学与社会发展研究中心的胡伟力等也指出公立医院改革的目标是回归公益性，即做到将保证人民群众的健康放在首位，杜绝“趋利”行为。这就要求取消公立医院补偿机制中的药品加成收入，将现行补偿方式的三条渠道——财政补偿、医疗服务收费、药品加成相结合转变为两条主要渠道——财政补助和医疗服务收费。
公立医院改革作为医药卫生体制五项重点改革的核心，而补偿机制改革又是其重点与难点，公立医院的补偿机制改革的成功，将有效地缓解百姓就医的经济压力，调动医务工作者的积极性，提高医院资金使用效率。
三、我国公立医院财政补偿方式研究
提高财政补偿资金的使用效率需要探索新的补偿方式。财政补偿是补供方还是补需方，是采用定项补偿还是定额补偿，是按人头付费还是按病种付费，一直是卫生经济学界长期争论的问题。杨庆松认为，无论是直接补供方，还是通过补需方来间接使供方得到补偿，财政资源最终都是流入医疗服务供方，所不同的是在此过程中形成的利益激励机制和行为的不同，由此也带来补助效果和效率的差异。高洪波、丁晓丽提出，补偿方式应由补偿人员经费为主转变为以补偿业务工作经费为主，建立预算绩效评估制度，提高资金补偿的实际效果，增设“以奖代补”的补偿方式。周鑫、吴正虎通过对五种付费方式的比较研究提出，应根据不同国家的经济水平、不同保障对象和保障层次、医疗保险覆盖率选择支付方式，选择任何一种费用支付方式都要着眼于社会整体最优的目标。
四、我国公立医院财政补偿渠道研究
我国公立医院的补偿渠道主要包括三个方面：财政投入、医疗服务收费和药品加成收入。但是由于长期以来政府财政补偿不足，医院为了求得生存与发展，更多地依靠药品加成收入。新医改方案中将公立医院补偿由医疗服务收入、药品收入和财政补助三个渠道，改为医疗服务收费和财政补偿两个渠道，同时采取增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准等措施，通过医疗保障基金支付和增加政府投入等途径予以补偿。魏晋才等提出，要拓宽筹资渠道，引导社会资金如社会赞助、慈善捐助等方面的投入，政府对公立医院的投入可以运用间接投资，如
