酶切位点保护碱基表新

PCR设计引物时酶切位点的保护

切割率% 酶 Acc I 寡核苷酸序列 2 hr GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 50 >90 >90 10 >90 >90 0 75 25 0 0 50 0 0 25 25 0 0 >90 50 >90 >90 >90 20 hr 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 25 >90 >90 0 >90 >90 0 0 >90 10 0 50 >90 0 0 >90 50 >90 >90 >90 Afl III CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG Asc I GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA Ava I CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA BamH I CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG Bgl II CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC BssH II GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA BstE II BstX I GGGT(A/T)ACCC AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT Cla I CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG EcoR I GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG Hae III GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA >90 >90 >90 0 0 10 0 >90 >90 0 25 0 50 0 0 0 0 75 75 0 10 10 0 10 10 25 25 10 >90 0 0 0 0 0 0 75 >90 >90 >90 0 0 75 0 >90 >90 0 50 0 75 0 0 0 0 >90 >90 0 25 50 0 10 10 90 >90 >90 >90 0 25 >90 0 25 50 >90 Hind III CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG Kpn I GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG Mlu I Nco I Nde I GACGCGTC CGACGCGTCG CCCATGGG CATGCCATGGCATG CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC Nhe I GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG Not I TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA Nsi I Pac I TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG Pme I GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG Pst I GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT 0 10 >90 >90 0 0 10 0 10 0 50 0 10 10 0 10 >90 >90 0 0 25 10 10 0 >90 0 50 75 Pvu I CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA Sac I Sac II Sal I CGAGCTCG GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA Sca I Sma I GAGTACTC AAAAGTACTTTT CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA 10 75 0 0 10 >90 10 10 0 0 0 0 10 >90 >90 >90 0 >90 75 75 0 10 25 75 10 10 50 >90 >90 >90 50 50 0 25 50 >90 >90 >90 0 >90 >90 >90 0 25 Spe I GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG Sph I GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT Stu I AAGGCCTT GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT Xba I CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG Xho I CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG 10 75 Xma I CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA 0 25 50 >90 0 75 >90 >90 注释：

1．如果要加在序列的5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3‘端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。 2．切割率：正确识别并酶切的效率

3。加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。