loading基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测
程节华;程家兴;杜秀全
【期刊名称】《计算机工程与设计》 【年(卷),期】2011(032)005
【摘要】To extract experience knowledge from PDB and prediction of protein interaction sites, a design method of SVM is presented.Using protein-sequence profile as the feature vectors to predict protein interaction sites. Starting from the protein sequence level, to sequence spectral sequence of neighboring residues as input feature vectors to predict protein interaction sites. Prediction accuracy of 70.47％, CC = 0.19 1 9. The results show that the use of protein sequence spectrum, combined with SVM algorithm for protein-protein interaction site prediction method is effective.%为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法.从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919.实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的.
【总页数】4页(1833-1836)
【关键词】蛋白质相互作用位点;进化保守性;序列谱;支持向量机;蛋白质结构数据库
【作者】程节华;程家兴;杜秀全
【作者单位】安徽大学,计算智能与信号处理教育部重点实验室,安徽,合肥,230039;安徽科技学院,计算机系,安徽,凤阳,233100;安徽大学,计算智能与信号处理教育部重点实验室,安徽,合肥,230039;安徽大学,计算智能与信号处理教育部重点实验室,安徽,合肥,230039 【正文语种】中文 【中图分类】TP39 【相关文献】
1.基于序列保守性和蛋白质相互作用的真核蛋白质亚细胞定位预测 [J], 张松; 夏学峰; 沈金城; 孙之荣
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3.基于整合蛋白质进化保守性的伪氨基酸组成成分预测蛋白质亚细胞定位 [J], 李利珍; 董自梅
4.基于多窗口不同特征的蛋白质相互作用位点预测 [J], 王菲露; 宋杨
5.基于支持向量机的蛋白质相互作用位点预测 [J], 王菲露; 宋杰; 王池社; 杜秀全
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