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5. 多因素方差分析（多因素多个样本均数的比较）
在环境科学研究中，所研究的事物或现象往往是比较复杂的多因素问题，而各种因素本身尚有程度的差别，其间往往又存在交互作用。当研究的因素在三个或三个以上时，可以用正交试验法。 正交试验是一种高效、快速的多因素试验方法。正交试验的设计与分析见另外章节。
“多因素多个样本均数的比较”不仅可以用于正交试验，也可以用于拉丁方试验分析与析因试验分析等。
6． 多个样本均数间的两两比较（多重比较）
经方差分析后，如果各总体均数有显著性差异时，常需进一步确定哪两个总体均数间有显著性差异，哪两个之间无显著性差异。因此，可以利用方差分析提供的信息作样本均数间的两两比较。
以例5为例：（每组样本含量相等）经方差分析后，认为不同时点以及不同区域的氮氧化物含量之间均有高度显著性差异。现在需要进一步检验不同时点的氮氧化物含量均数两两之间有无显著性差异。检验步骤如下：
1.检验假设：各时点的氮氧化物含量均数之间两两相等。