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﹡如果输卵管伞端完全被包埋，则评为16分。
将浅表种植灶的外观分类描述为红色病变[（R），红色，红-粉色，火焰灶，水泡样，透明小泡样]，白色病变[（W），混浊，腹膜缺损，黄褐色]，或黑色病变[（B），黑色，含铁血黄素沉着，蓝色]。分别计算各种病变的百分比R———%，W———%,B———%。总和相加为100%。
美国生殖医学会修订的子宫内膜异位症分期标准：1997.
（二）r-AFS分期系统的合理性
1.r-AFS分期在一定程度上反映了EMs的病程和病情 Busacca等进行一项前瞻性研究，对366名腹腔镜下确诊为卵巢子宫内膜异位囊肿的患者进行r-AFS分期及随访，发现48个月超声下累积复发率为11.7%，复发率与r-AFS分期呈正相关。研究还显示，EMs患者腹腔液中肝细胞生长因子和单核细胞趋化蛋白-1，腹腔液中巨噬细胞产生IL-6、IL-10、IL-12的能力，颗粒细胞中凋亡小体和在位内膜腺体细胞产生单核细胞趋化蛋白-1的能力均与r-AFS分期正相关。而肝细胞生长因子和单核细胞趋化蛋白-1刺激增生，与EMs的粘连形成密切相关；IL-6、IL-10、IL-12影响配子胚胎的功能，颗粒细胞中凋亡小体增多则直接代表卵子和胚胎的受损，这些均与EMs的不孕有关。
2.虽然r-AFS评分是主观设计的，却具有一定的客观性 Rock将315名EMs患者腹腔镜录像资料交由另一名未参与手术的医生按r-AFS系统进行分期，发现结果与腹腔镜术中术者分期一致，说明r-AFS分期系统具有一定的可重复性。
（三）r-AFS分期系统的主要不足
随着资料的积累和对EMs认识的加深，r-AFS系统的许多不足也逐渐显明出来。内异症的临床分期，从Scott分期到现今流行的美国生育学会修订的内异症分期标准（r—AFS），虽然有很大进步，但也不尽完善，主要问题是：（1）腹腔镜下的观察、判定及计分有其主观性；（2）内异症的重要问题——疼痛和不孕未能在分期中得到体现；（3）分期对治疗、预后等的指示意义也显不足。所以完善分期标准，使其更能反映病情、更有临床诊断和指导治疗价值，是目前的重要课题。
1.对不孕的表达欠佳 尽管少数资料支持r-AFS分期对不孕的部分表达，但大多数研究表明这种表达甚差。 Guzick等在一个回顾性的研究中对469名EM患者进行随访，就年龄、随访时间、伴随的不孕因素等进行分析，发现累积妊娠率在12、24、36个月均与分期无相关性，与异位种植病灶数目和粘连总量也无相关性。Saleh等随访了269名腹腔镜输卵管成型术后的EMs病人，发现6、12、24、36个月的累积妊娠率、月妊娠率、月妊娠可能性、粗略妊娠率、平均治疗到妊娠间隔、治愈率均与分期无关。
辅助生育技术也越来越多的用于EMs不孕的治疗，Pal等对61名EMs不孕病人进行了85次IVF-ET治疗，发现植入率、临床妊娠率和流产率在各期均无差别。Diaz等的研究与其相似。这种不佳表达的原因是多方面的，比如对EMs本质的认识尚有待提高等。
（1）r-AFS分期没有反映EMs的不同病变类型，也没有对病变深度进行量化 EMs腹膜病变可分为红色病变、白色病变和黑色病变三种类型，不同类型其生物活性不同，同样病灶侵润的深度也与其生物活性相关，病灶小于1mm者和大于5mm者其生物活性高于病灶介于1～5mm者。病灶生物活性不同对腹腔液内环境的影响也不同；而腹腔液内环境的异常是引起EMs主要并发症——不孕的一个重要因素。
（2）r-AFS没有考虑卵巢子宫内膜异位囊肿的组织学类型 而卵巢子宫内膜异位囊肿组织类型不同对不孕的影响也不同。